Luego del final trágico que cerró los 50 años de Spider-Man, el sello de Marvel NOW! inauguró la nueva etapa de la colección, tanto en lo argumental como en lo editorial. Comienza la era superior de las colecciones arácnidas.
Peter Parker está muerto, pero para el mundo, fue el Doctor Octopus quien murió. El cambio de mentes fue definitivo y Ock logró engañar a la muerte. Ahora debe vivir con el peso de la responsabilidad que le inculcó su predecesor.
"Hasta siempre, "Otto Octavius". De ahora en más mi nombre es Peter Parker. Y a partir de ahora-- yo soy Spider-Man"
Entre sus objetivos, Otto se concentró en arreglar la vida que Peter había dejado. Un desastre tanto en su vida social como en su lado superheróico. Su primera acción fue renovar el traje arácnido a uno más práctico y más eficiente a la hora de luchar contra el crimen. Luego, decidió dejar su relación con MJ, considerándola un círculo recursivo, "la mayor trampa de todas". Así, se alejó de Peter Parker para concentrarse en Spider-Man. En sus encuentros con el Cuervo, Masacre y el dúo de Jester y Screwball, sus batallas se volvieron cada vez más violentas (al punto en el que asesinó a Masacre a sangre fría, en el Superior Spider-Man #5).
Mientras todo esto se desarrollaba, al final del primer capítulo de la colección, un giro inesperado se daba: ¡Peter Parker estaba vivo! O al menos, su conciencia. Como un fantasma viviendo en el subconsciente de Otto y siendo arrastrado por sus recuerdos, Peter se mantuvo al costado de las acciones de Ock, sin tener ningún control sobre su cuerpo.
Las acciones de Otto llamaron la atención de los Avengers, quienes estaban preocupados respecto a su compañero de equipo.Cuando quisieron realizarle estudios médicos para comprobar que todo estuviera normal en el arácnido, Otto se rehusó y tuvo que luchar con los Héroes más Poderosos, siendo inmovilizado y sometido a las pruebas. Ante la mirada incrédula de Peter, el Capitán América y su equipo no llegaron ninguna conclusión, aunque los estudios descubrieron algo que los Vengadores no vieron: una anomalía cerebral que Otto sí notó, y que utilizando uno de sus antiguos inventos pudo analizar. "Tú eres la anomalía", le dijo Octopus al sorprendido Peter Parker. Con el artilugio puesto en marcha, todo llevó a una lucha en el cerebro de Peter, la batalla final entre lo Sorprendente y lo Superior, en el épico y ansiado Superior Spider-Man #9. 
Sin embargo, el resultado no cambió. Aún más definitivamente, Peter fue borrado de su propio cerebro, aunque también todos sus recuerdos. Ahora Otto, libre de la conciencia de su antiguo enemigo, estaba solo para enfrentarse al resto de su vida.
Luego de un enfrentamiento cerrado en la próxima-a-cerrase prisión de The Raft, Otto logró extorsionar al alcalde Jameson para hacerse con el edificio y convertirlo en su nueva base de operaciones, a la que llamó irónicamente "Spider-Island II". También desarrolló un sistema de robots arácnidos con los cuales logró mantener vigilada a toda la ciudad y detectar cualquier crimen con la mayor rapidez posible.
Pero desde afuera se iban armando las conspiraciones en su contra: por un lado, Carlie Cooper y la Capitana Yuri Watanabe (conocida como Wraith) estaban convencidas de que había una relación entre Spider-Man y Octopus, sospecha basada en las últimas palabras que Octopus (Peter) le había dicho a Carlie antes de morir. Por otra parte, en el submundo de la ciudad, los villanos, mercenarios y criminales de poca monta estaban siendo reunidos por el autodenominado Goblin King, que fue creando así su ejército de goblins, preparados para atacar.
Luego de asaltar Shadowland con su nuevo ejército de soldados arácnidos y supuestamente asesinar a Kingpin, Spider-Man conspiró para atrapar al Hobgoblin, Phill Urich, aunque éste escapó y se unió a los Goblins con el nombre de Goblin Knight.
Luego de un encuentro con Spider-Man 2099, en el que la superioridad de Otto no fue suficiente para salvarlos a todos, Spider-Man luchó contra Black Cat y contra Stunner (su antigua enamorada, que apareció en los cómics por primera vez en el Amazing Spider-Man #397, de Enero 1995). Pero Ock ya tenía una nueva amada: Anna María Marconi, la "mujer pequeña" aparecida en las páginas de Superior Spider-Man #5 y que rápidamente se ganó el corazón de Octopus, aunque ella lo conoció como "Peter".
En una saga de 4 issues, comenzando en el Superior Spider-Man #22, Otto se enfrentó al Agente Veno y posteriormente tomó posesión de su simbionte, una estrategia que se dio vuelta rápidamente, y cuando ni todos los Avengers pudieron detenerlo, fue un viejo conocido el que le dio el empujón a Otto para que se despegase de Venom... ¡el original Peter Parker! La presión de la situación fue suficiente como para despertar a aquel fantasma subconsciente, que juró que recuperaría su cuerpo de alguna forma.
Pero para los Avengers, toda esta situación solo fue más sospechosa. Y ese no era el único peligro del Superior Spider-Man. Carlie, finalmente, descubrió la verdad del cambio de mentes, pero antes de poder revelar nada, fue secuestrada por los Goblins, donde fue convertida en uno de ellos, "Monster", y reveló a Goblin King la verdad.
Y así llegó la conclusión de esta gran obra: Goblin Nation, el arco argumental en cinco partes (comenzando por el Superior Spider-Man #27 y concluyendo en el #31), donde los Goblins tomaron la ciudad, justo debajo de las narices de los robots arácnidos de Otto, causando destrozos y muerte, y con solo al Superior Spider-Man para culpar. Éste, dándose cuenta de su fracaso, le relegó el manto a quien declaró incluso superior a él: Peter Parker. Pero para eso, tuvo que destruir su propia consciencia, experimentando la muerte que tanto había postergado.
Y una vez que Peter volvió a su traje de Spider-Man, todo llevó a la batalla final contra Goblin King, que reveló ser el mismísimo Norman Osborn, con un rostro colocado quirúrjicamente. Por desgracia, escapó luego de su derrota, pero el sol salió, y así se cerró el ciclo superior de Spider-Man.
La historia de Peter continúa actualmente en el tercer volumen de The Amazing Spider-Man, bajo el sello de All-New Marvel NOW!
